Строительство комплекса из главного корпуса и трех флигелей началось в начале 1789 г. под присмотром приглашенного архитектора Протаса Ивановича Козлова, ученика знаменитого зодчего М.Ф. Казакова. Для изготовления кирпича был специально построен городской кирпичный завод в Гончарах.
Строительство началось с постройки трех флигелей. К осени 1789 г. был выстроен нижний каменный этаж флигеля, к осени 1790 г. — второй деревянный этаж, вставлены окна, сделаны двери и потолки.
Весной и летом 1791 г. кровля флигеля была покрыта железом, здание оштукатурено, а к ноябрю 1791 г. расписаны потолки, стены и печи. Одновременно велась постройка главного корпуса ансамбля. В 1793 г. во флигель была куплена и привезена из мебель из Москвы. В 1794 г. к флигелю по проекту архитектора А. Вершинского было пристроено крыльцо и деревянная галерея.
До 1802 года здание так и не было дотсроено и не использовалось по назначанию.
Князь Иван Михайлович Долгоруков вступил в должность Владимирского губернатора в 1802 г.
22 апреля 1804 г. он направил первому министру внутренних дел Российской империи графу Виктору Павловичу Кочубею письмо, в котором отмечает, что флигель пустует, тем временем как жители Владимира крайне нуждаются в хорошей аптеке из-за часто случающихся болезней. Во Владимире на тот момент уже была аптека, но она являлась частной. Юрий Долгорукий решил организовать аптеку городскую, принадлежащую казне.
7 сентября 1804 г. Приказ опубликовал в газетах извещение о вакансии аптекаря. Явился аптекарь Христофор Калкау, бывший содержатель частной аптеки в Москве на Тверской улице. С ним заключен был контракт, положено жалованье 1000 руб. в год, и Аптека ему отдана со всеми принадлежностями и ботаническим садом. Калкау приступил к отправлению должности с 1 января 1805 г. Кроме аптекаря в штат аптеки был нанят помощник — кандидат фармации Петр Даниель с оплатой 450 руб. в год.
Губернский архитектор Алексей Никитич Вершинский в ноябре-декабре 1804 г. составил проект перепланировки флигеля под Аптеку и смету.
В июне 1805 г. была выстроена каменная лаборатория с горном. 18 августа 1805 г. И.М. Долгоруков сообщил во Владимирскую врачебную управу, что «заводимая от Приказа аптека приближается к своему открытию», для нее уже куплено материалов на 6500 рублей и просил управу проверить количество и качество.
12 сентября 1805 г. губернатор циркулярно уведомил городничих для объявления «господам лекарям, и вольно практикующим в городах господам помещикам» и населению об открытии во Владимире казенной аптеки, из которой можно выписать «самые лучшие и самые свежие медикаменты».
Приказ снабжал Аптеку дровами, углем, вином и постным маслом. Здание охраняли ратники из гарнизонной команды. Аптекарь продавал по рецептам медикаменты, которые записывал в рецептурную книгу, выданную из врачебной управы. Без рецептов продавались: магнезия, курительные порошки, унгарская водка, разные духи, цветки ромашки и бузины и прочее. Книги и вырученные от продажи деньги аптекарь был обязан представлять в Приказ через каждые три месяца.
28 февраля 1809 г. Стало понятно, что Аптека приносит убытки, поэтому Приказ решил отдать ее на содержание тому, кто предложит самые выгодные условия.
5 августа 1809 г. Приказ постановил отдать Аптеку в 4-хгодовую аренду Ивану Штрейтеру за 16 тысяч рублей со всей посудой и инструментами и ботаническим садом, что и было сделано с 1 октября 1809 г., когда истек срок контракта с Х. Калкау.
Вскоре аптека перешла в частное ведение. В 1835 г. аптекой и землей владел аптекарь Андрей Антонович Попке. Далее - еще 3 частных аптекаря, которые перекупали здание после друг друга.
В архивных записях от 1842 г. Так описывается здание — «дом в два этажа исключая подвального, нижний каменный, а верхний деревянный, окон по улице 15, 3 окна с северной стороны и парадная. Флигель, лаборатория и каретный сарай».
На 1893 г. во Владимире было две аптеки — Старая аптека, и Новая аптека Брандта. Всего в губернии на 1893 г. имелось 26 аптек с правом вольной продажи лекарств.
В 1918 г. Старая Аптека была национализирована и передана в ведение Городского Совета народного хозяйства. В описи имущества Аптеки, составленной комиссией Совнархоза 5 октября 1918 г. значится: при входе в аптеку 2 фонаря и лампочка, в прихожей диван и лампочка со звонком. В здании большой зал (в котором 8 шкафов с лекарствами и парфюмерией в маленьких выдвижных ящиках, две стеклянных витрины с полками, две конторки, два дивана, одна касса, трое весов со стойками, лесенка, часы, икона, печка, пультер), кабинет аптекаря (письменный стол, письменный прибор, счеты, пресс со шкафчиком, три кресла, телефон, этажерка, пять шкафов, корзинка для бумаги), перегонная комната, стеклянная комната, дежурная комната с двумя кроватями, запасная комната, две кладовые (где хранились кислородные подушки, машинки для пилюль, шкафы для кислот и эфирных масел и 133 ящика с различными травами); в подвале шкафы для пробок и готовых мазей и старые вещи; на втором этаже жилые комнаты
В нижнем этаже здания была открыта Первая советская аптека и Аптекоуправление, на втором этаже Райпотребсоюз.
10 января 1923 г. управляющим Первой Советской аптекой был назначен зубной врач М. Чернов-Шапиро, он работал в качестве ассистента, рецептора и заведующего. В аптеке работало еще 18 человек служащих (из них 4 фармацевта и 9 – исполняющих обязанности фармацевта).
В 1930 г. помещение аптеки внутри было расширено за счет соседних помещений.
В годы Великой Отечественной войны на первом этаже здания находилась аптека, половину второго этажа занимали жилые комнаты для учащихся Фельдшерско-акушерской школы Народного комиссариата здравоохранения (ул. Музейная д.1).
